Diverse Ordner und Verknüpfungen plötzlich verschwunden?

Hallo zusammen,
ich musste gerade feststellen, dass diverse Ordner und Verknüpfungen vom Desktop verschwunden sind. Beim Starten war noch alles da, ich habe meine üblichen Programme gestartet, usw.
Plötzlich waren dann aber diverse Verknüpfungen nicht mehr verfügbar, selbst bei jenen die ich gerade noch gestartet hatte, kam dann plötzlich, dass diese möglicherweise nicht mehr vorhanden wären.
Auf der Festplatte als solches sind die Programme aber alle noch, also auch solche, deren Verknüpfungen gelöscht wurden. Zumindest von denen, die ich auf die Schnelle überprüft habe.
Allerdings wurden auch einige Ordner vom Desktop gelöscht, die dort beheimatet und keine Verknüpfung waren.
Im Papierkorb waren sie nicht. Also habe ich zu erst an einen Fehler gedacht und einfach mal den Computer neugestartet. Das hatte aber nichts gebracht. Als ich dann die Wiederherstellung starten wollte, ich hatte erst vorgestern eine angelegt, waren auch dort keine mehr vorhanden.
Ich dachte spätestens da an Malware, hatte Internetkabel abgezogen, noch mal neugestartet und einen Scan drüberlaufen lassen als auch diverse Dienste und Programme mittels Taskmanager und Process Lasso durchforstet, konnte aber nichts finden, was dort nicht hingehört.
Wie kann es sein, dass plötzlich alle Dateizuweisungen scheinbar nicht mehr gültig sind, Windows offenbar selbst Verknüpfungen und ganze Ordner ungefragt löscht, keine Wiederherstellung mehr vorhanden ist und all das, obwohl die Verknüpfungen physisch noch vorhanden sind und sich umständlich mittels Rechtsklickauswahl auch stellenweise trotzdem noch öffnen lassen, obwohl sie mit Linksklick nicht auffindbar sind?
Gibt es eine Möglichkeit, die gelöschten Ordner auch ohne Papierkorb und Wiederherstellung zurückzubekommen? In einem ist ein Programm, welches ich in der neusten Version leider nicht als Sicherheitskopie besitze.

:)